exFAT je jistě správná volba, ale jelikož jde o pevný disk pro linuxové OS, určitě bych zmínil 'ext4' který přináší jisté výhody a možnosti (jako od ext3 žurnálování na ochranu před poškozením). Formátovat cokoliv na NTFS jestli nesdílí disky s Windows nemá pod Ubuntu nějak smysl.
Nevim co uživatel zamýšlí s Vera, ale již nějakou dobu pod linuxem existuje pro sifrovani obsahu LUKS.