Rozlišuj EFI oddíl (zaváděcí) a "MS rezervovaný oddíl". EFI oddíl může být v zásadě kdekoli (dokonce i na flešce), má asi 100 MB. MS rezervovaný má dnes 16 MB a je na každém GPT disku, s boot přímo nesouvisí.

Takže jak to dopadlo s tou SSD + HDD kombinací ??? Už jsou oba disky samostatně dostupné pro instalaci (jako AHCI) ??? Při instalaci zvol konkrétní disk a zvol "Smazat disk" a "Instalovat do volného místa". Pokud na tom HDD je ten EFI oddíl, je třeba ho předem smazat nebo smazat celý disk (clean), W10 mají tendenci ho preferenčně použít.

S klonováním to není tak jednoduché, asi by to šlo, ale musel bys tomu rozumět, daleko jednodušší je to předem smazat.

V některých UEFI se dají individuálně zapínat/vypínat jednotlivé SATA porty, to je taky cesta. Ale ten "starý" EFI bys měl i tak smazat.