To chceš ty textový informace vkládat dovnitř videosouboru? Proč? To by ten kontejner videa musel tuhle možnost podporovat a podpora by musela být i v přehrávači. Nic takovýho neexistuje, hádej proč?

Asi by se to dalo vyřešit tak, že se napíše webová aplikace, co poběží v prohlížeči a umožní přehrát video od konkrétního času. A s tím časem bude svázana tvoje záložka. Tyhle data se samozřejmě budou ukládat zvlášť, klidně pro každý video, to není problém.

Stačí ti taková odpověď?