Měl jsem za to že bude stačit kliknout a dát zkopírovat.

bootovací disk s jeho boot sektorem a více oddíly fak takto kopírovat nejde, navíc za chodu ve windows s jejich přístupovými právy.

supernutně potřebuješ nějaký normální klonovací program (případně s možností uložení do gigasouboru).
ideální by bylo si stáhnout boot cd acronis.