Tvoj prípad je predsa ten, že titulky máš v mkv pribalené. Čiže ich treba len vybaliť, aby sa dali vložiť do tvojho FF. (existujú nástroje na rozobratie a skladanie mkv, skús napríklad mkvtoolnix)
Prípadne použiť nejaký šikovnejší konvertor, ale konkrétny ti neviem poradiť. Nepoužívam to.

Ja osobne by som ponechal mkv ako je. Mkv je perspektívnejší formát ako avi. Ale áno, sú situácie keď je dobré aj primitívne avi s vypálenými titulkami v obraze. Pretože máš istotu, že titulky sa vždy a všade zobrazia rovnako.