Začni tu:

https://mediaarea.net/en/MediaInfo

nainštaluj si ten program a otvor v ňom ten mkv súbor.
Uvidíš tam aké streamy obsahuje ten Tvoj kontajner mkv = video, audio a aj titulky, prípadne kapitoly.... Môže sa stať, že audio a titulkových streamov bude viac (pôvodný anglický dabing, český...to isté platí pre titulky...)

Potom je nutné z toho mkv extrahovať titulky - záleží v akom formáte sú (bude zrejme potrebné ich prekonvertovať na formát, ktorý chutí Format Factory).

Doporučujem na prácu s mkv súbormi utility: mkvtoolnix + mkvextract (mkvExtractGui).