Môžeš vytvoriť virtuálne device pre stream audia, v pavucontrol ho potom len vybrať, následne nastaviť ako default mic toto virtuálne device, ktoré nebude dávať žiadne dáta aplikáciám. Ďalšia možnosť je vypnutie micu na úrovni drivera:

príkaz lsmod, nájsť si device a potom blacklist <názom modulu>

alebo ako už dole poradil týpek: "amixer set Capture nocap"