Get Data Back (program na obnovu dat) zobrazí i "nesoubory" typu $MFT a $MFT.MIR a několik dalších, jejich velikost rozhodně neni zanedbatelná a klidně by ten rozdíl mohla tvořit.
Jinak v linuxu se dá system volume information normálně zobrazit (i smazat). (Na oplátku je omezený přístup do .Trash, který zase je ve windows bez omezení.)

Práva souborů linux příliš neřeší (roz. u NTFS), za to potom je dobrý zmatek když se takový disk dá zpátky do windowsu. Práva jsou to nejmenší, na to stačí převzít vlastnictví (které má neznámý uživatel S-nějaká čísla) a práva nastavit. Další věcí jsou nepovolené znaky v názvech - v linuxu může být v názvu ? nebo | a možná další, které jsou ve windows zapovězené. A (možná ne) poslední je velikost písmen. SOUBOR a soubor (a všechny zbylé kombinace) jsou v linuxu odlišné položky, zatímco pro windows jen jedna a neznám způsob, jak se dostat k oběma (občas to řeším na flešce).

Jinak nutno uznat, že od prvních krůčků, kdy v linuxu nebylo bezpečné připojovat NTFS pro zápis se situace dost zlepšila a dneska problémy tak nehrozí.