Na USB2, které jede naplno (pokud to není nějaká extrémně pomalá fleška) to je jisté.
Na USB3 ale bude zpomalení (vinou portu) zcela zanedbatelné, rychlost USB3 je pořád minimálně o řád vyšší, než dokáže fleška nebo USB HDD využít.
Horší to může být v cíli kopírování, pokud se kopíruje na jeden disk, tak to bývá zpomalení opravdu značné. Osvědčilo se mi takové operace řadit do fronty. V linuxu se to dělá samo (je ale možné čekající operaci ručně spustit hned) v double commanderu (i total commanderu) je to stisknutím F2. Setkal jsem se s poklesem rychlosti klidně i na 10%, stačilo ale jednu operaci pozastavit a už to frčelo zase normálně.