Dost často stojí dodané verze softu za prd. Zjisti si parametry,
v jakém má být výsledný soubor mp4, rozlišení videa, datový tok,
formát audia, jeho kvalita atd... Zkus použít free:

http://www.pazera-software.com/search/?q=AVI%20to%2 0MP4

nebo taky free total univerzální MediaCoder:

http://www.slunecnice.cz/sw/mediacoder/

Zkus se napřed podívat, jestli není novější verze origoš převáděcího softu.