Vše bylo v pořádku až na system, viz:
https://pc.poradna.net/questions/3099381-hromadne-vytvoreni-slozek-s-diakritikou#r3099432
Notepad je takový jednoduchý editor a kodovou stranku pro fonty si přebírá ze systému. Odsud si vzal ne 1250, ale 1251 (zapadni), proto správně nezobrazil žščř apod.