FAT32 je univerzální volba, protože to umí kde-co (a nová karta z obchodu většinou má taky FAT32), zatímco NTFS je proprietální technologie MS a tak jí skoro nic jiného nepoužívá (nepředpokládám, že bys měl Windows i na mobilu - a ani tam bych si nebyl tak úplně jistý).
Samozřejmě ideální je, pokud se ta karta dá zformátovat přímo v daném zařízení, protože pak to většinou počítač přečte taky, ale zařízení s tím nemá žádné problémy.