1)
To pozadí nedělá MKVToolnix. Můžeš mi dát odkaz takového videa a co v MKVToolnixu nastavuješ? Podle mě ti to pozadí dělá až přehravač videa. MKVToolnix jen vkládá titulky do kontejneru.
2)
"V podstatě už to nebudou titulky, ale součást obrazu videa."
Přesně to dělá ten můj příkaz v ffmpeg. Prostě titulky už nebudou titulky, ale součást videa. Tak co furt řešíš?

Udělal jsem pro tebe ukázky výstupu:
ffmpeg -i video.mkv -filter_complex "subtitles=titulky1.srt:force_style='BackColour=&

H80000000,BorderStyle=4,Fontsize=16,outline=0',subtitles=titulky2.srt:force_style='Fontname=Segoe UI,BackColour=&H80000000,BorderStyle=4,Fontsize=12,outline=0'" output.mp4

Použity dvě titulky srt, nastavena jiná velikost a font. Obě bez obrysu.