???
1)
Pokud pomocí mkvtoolnix spojíš (remuxneš) video a titulky, tak jsou v kontejneru uloženy zvlášt, ty titulky nejsou součástí obrazu.
Srt neumožňuje nastavit pozadí a kontejner mkv tam taky nic na pozadí nepřidává, tak mi z toho leze to, že ti tam to pozadí přidává až přehravač.
2)
youtube řeší ten můj ffmpeg skript (reenkoduje video a do obrazu videa přidá titulky jedny nebo více). Udělal jsem ti tu i ukázku videa (použil jsem i dvoje titulky s různým nastavením, kdyby bylo potřeba), je v předchozím příspěvku, je tam ale špatný skript, správný je:

ffmpeg -i video.mkv -filter_complex "subtitles=titulky1.srt:force_style='BackColour=&H80000000,BorderStyle=4,Fontsize=16,outline=0',subtitles=titulky2.srt:force_style='Fontname=Segoe UI,BackColour=&H80000000,BorderStyle=4,Fontsize=12,outline=0'" output.mp4