To ešte stále riešiš?

Ak chceš, napíšem Ti na to jednoúčelový program - vlastná nadstavba GUI pre ffmpeg...
Len okno so vstupnými údajmi a tlačítkami:
1. vyberieš vstupný video súbor
2. vyberieš súbor s titulkami
3. zadáš názov výstupného súboru
4. Stlačíš tlačítko "Start"

Hotovo. Nič viac nič menej. Kľudne aj v češtine. V tejto podobe zadarmo...
(Ak máš záujem píš cez správu).