To, že je deska od jiného výrobce než grafická karta nevadí.
Jaký máš operační systém jsi nenapsal. Pokud instaluješ Windows ovladače na Linuxu, nepojede ti to.
Na internetových stránkách výrobce karty si můžeš stáhnout aktuální ovladače p svou kartu a svůj operační systém.