dělal jsi cmos reset při odpojeném napájení pc?
pro jistotu tam nech jen 1 z ramek, případně odpojit zbytečné mechaniky, čert ví na co je to háklivé.

problém myslím není v tom vypnutí během bootování, ale v brzkém znovuzapnutí, když ještě někde byly kondenzátory částečně nabité, někde vybité a polarita se novým zapnutím mohla otočit.