Toto si většinou zařizuje sám program, který si určuje, kde se má spustit. Jsou programy, které si nastavení pamatují v dokumentu a pak se klidně otevřou mimo obrazovku, mám třeba takové zkušenostiu s Matlabem. Kolega jednou komentoval mé hldání jednoho okna tím, že je asi někde na třetím nebo čtvrtém monitoru (počítač měl dva). Tehdy jsem se taky naučil, jak dostat okno na viditelnou plochu. Zmáčknout alt+mezerník (místní nabídka), pak dát p jako přesun a mačkat šipky, dokud se okno neobjeví, pak dát enter. Důležité je nešahat na myš, jinak ta ten režim klávesnicového přesunu ukončí (funguje to v XP (a pravděpodobně čemkoliv minimálně od W95), vistách a sedmičkách, v desítkách jsem to zatím nepotřeboval).
Viděl jsem, že nějaké možnosti v tomto smyslu má program dodávaný ke GK, ale nikdy jsem to nepoužil.

Já jsem nějaký takový problém řešil s jedním programem pro střih videa (uměl full-screen náhled udělat jen na hlavním monitoru a já ho chtěl na sekundárním), nakonec to skončilo tak, že jsem tomu druhému monitoru nastavil, že je hlavní a bylo to vyřešené (že se pak všechny ostatní programy otevírali na něm mi zas tak nevadilo).