Když jsem si to zkoušel, tak se to podle mne chová dle potřeby
Mezisoučty mají ID = null, takže prázné.

declare @tTemp table (ID int identity primary key, Skupina int, Nazev char(10), Pocet int)
insert into @tTemp (Nazev, Skupina, Pocet) values
	('Jedna', 1, 10),
	('Dva', 1, 15),
	('Tri', 2, 5),
	('Ctyri', 2, 12)

select * from @tTemp

SELECT ID, Skupina, Pocet = Sum(Pocet)
FROM @tTemp
GROUP BY
	GROUPING SETS (
		(Skupina, ID),
		(Skupina),
		()
	)
ORDER BY
	Skupina,
	1;

Pokud tam chceš ít nulu, tak to stačí ošetřit, případně i u názvů:

SELECT ID = IsNull(ID, 0), Skupina, Pocet = Sum(Pocet)
FROM @tTemp
GROUP BY
	GROUPING SETS (
		(Skupina, ID),
		(Skupina),
		()
	)
ORDER BY
	Skupina,
	1;