To se stává často (teda často se mi to stává jen na jediném počítači, nikdy jindy jsem to na jiném neviděl) a řešení je jednoduché, jen si ho teď nevybavuju.
muselo se napsat něco jako chkdsk /dev/sda2 ale v linuxovské řeči (fsck nebo tak nějak), tím se opraví filesystém a linux normálně naběhne. Myslím, že tam k tomu je nějaká nápověda a podle ní se dá postupovat (něco automatic blablabla failed, use manual blablabla tak stačí zadat blablabla (tímto slovem nahrazuju to, co si nepamatuju) s tím označením disku, co se ukazuje jako vadný).
Disk se zkontroluje a opraví a naběhne normálně grafické rozhraní, jen s nějakým varováním, že bude možná potřebný reboot (nikdy jsem ho neudělal a zdálo se že i tak systém fungoval normálně).