Ahoj,
problém by mohl být i v tom, pokud máš v NASu povolený koš. Je ho potřeba čas od času vyprázdnit. Protože cokoli v NASu smažeš tak se pouze přesune do koše, až teprve jeho vyprázdněním se vymazaná kapacita uvolní. Je tedy teoreticky možné, že ho máš naplněný 2TB smazaných dat, který dělají rozdíl mezi 1TB a 3TB.
https://kb.synology.com/cs-cz/DSM/tutorial/How_do_I_restore_files_deleted_from_Synology_NAS