Taky nevím, v /etc/conf.d/apache2 mám kromě jiného taky CONFIGFILE=/etc/apache2/httpd.conf - tak jestli ti to nepřesměrovalo do nového místa, tak bys to měl upravit ručně
Jinak já věci instaluju prostě přez emerge, což je defaultní systemový instalátor (v CLI), a dá se tam nastavit verbosita, takže píše co kam kdy dává (a i když o nemám nastavené, tak to stejně píše do logů, čili se dá následně dohledat, co kam zašantročil)