Nejdřív si ujasni ten formát.
ITX byl za mě do obýváku na parádu v době kdy nebyly jiné možnosti.

Píšeš "akže počítač bez GPU a úložiská len výhradne M.2 NVMe."
Na ITX desce máš jedno nvme.

Za mě je rozumnější microatx.

Mě osobně se ty kovové kostky cos vybral moc nelíbí. Jestli to má být pracovní PC dej ho pod stůl a vem skříň s uchem na přenášení pokud je to ten důvod proč to chceš malé.

Druhá otázka je jestli se vůbec vyplatí to skládat
např.
https://www.alza.cz/msi-pro-dp20za-5m-052eu-d7137270.htm

https://cz.msi.com/Business-Productivity-PC/PRO-DP20Z-5M/Specification

Těch výrobců bude víc, vevnitř budou speciální desky a notebookové ramky. Zdroj bude externě na kabelu. Ale pokud chceš aby to bylo hezké a malé tak to zvaž.
Já bych na itx nic "zvenkuviditelného" neskládal.