Total commander i DoubleCommander (ruský klon TC ale narozdíl od něj je opensource a zadarmo; připomínám že TC je placený program který je zadarmo jen na vyzkoušení) mají funkci synchronizace adresářů. Tam se to dá lehce poznat. Doporučuju spíš ten DC, má to sice trochu nedodělané, ale za to si poradí i se znaky unicode (možná TC už taky, je to dlouho, co jsem zkoušel nějakou novou verzi).

Pokud je stejná adresářová struktura, nabízím i lepší postup. Na jednom disku nechat spočítat nějaký hash pro všechny adresáře, soubor s nima zkopírovat na druhý a tam nechat zkontrolovat.

Jo ale teď čtu pořádně dotaz, ono nejde o potvrzení, ale o vyvrácení duplicit, pak neni nic snažšího, než dát ALT+F7 (Hledání souborů; teda ve windows, v linuxu je ta klávesová zkratka překrytá přesunutím okna, taže tam se musí z menu) a nechat hledat duplicitní soubory. Můžete si vybrat jestli mají mít stejný jen název nebo/i velikost, nebo/i obsah a koukám, že v DC je i možnost stejný hash.
Jo a Total Commander to dokáže, jen mu musíte jako "kde hledat" zadat ty dva disky, oddělené středníkem (např Z:\filmy;F:\filmy (mimochodem nevím jak hledat středník v názvu souboru)), jak to bývá, je víc možností, jak toho dosáhnout (třeba vybrat v panelu kam je předtím nějak dostanete a nechat hledat ve vybraných složkách).