Nějak to máš popletené ...
Buď použiješ duplikátor, tedy sokl/dock pro 2 (SATA) disky, to je HW záležitost stiskneš čudl a jede to.
Nebo ty 2 disky připojíš jakkoliv (i přes USB) a klonuješ programem (ať už z Windows nebo z boot média, jenže "free" boot ISO Acronis neumí klonovat, jiné ano). Není důvod to klonovat z boot média, to má smysl při klonu syst. disku (který nechci někam přendávat).
PS: Acronis pod DOSem ??? Dnes je to pod Linuxem 