Nevím, jestli jsem to správně pochopil, ale proč nepoužiješ klasický přesun. Nebo pro vyhledávání těch duplicit zadej *.db(1) a *.ini(1). Potom nalezené položky buď smažeš nebo dáš do koše. Total Commander už nepoužívám, roky používám program Altap Salamander. Verze 4.0 je zdarma a zdá se mně daleko lepší a použitelnější, ale postup bude stejný.
Můžeš vyzkoušet https://www.altap.cz/cz/ Pro vyhledávání klasicky použij ALT+F7