Tak pokud si neumíš nastavit, co vlastně chceš instalovat, tak to holt musíš dělat ručně.
Já na tyhle věci mám vlastní balíček, který nechám nainstalovat a on si všechny ty závislosti dotáhne sám (závislosti jako správce oken, oblíbené editory, oblíbené widgety, numlock ... cokoli mu tak nastavím) a nabídne k odsouhlasení vhodné modifikace konfiguráků.
Update mi pak tyhle věci samozřejmě nepřepisuje, naopak sám nabídne, co si myslí, že by měl nastavit nějak jinak a já mu to buď odsouhlasím, nebo ne, nebo si vyberu co a jak, nebo to nechám nějakou dobu odpočívat, až zas bude čas a nálada.