Nevím, čím jsou vlhčené, ale vodou asi ne, spíš nějakou vonnou esencí či co to je a může to zanechat vrstvu nějakého toho sajrajtu.
Jinak jak píšeš

Já plánoval prostě vzít papírový kapesník na to nakapat pár kapek (kapiček) toho isopropyl alkoholu a tím to otírat... to by šlo ne?

Jj, tak to používám už roky. Teda ne, že bych se s tím nějak mazlil a dával to na ten kapesník po kapkách, na to jsem moc líný

Prostě vezmu papírový kapesník (nevlhčený), složím ho na čtverec, otevřu láhev isopropylu, v nouzi láhev technického lihu a obrátím dnem vzhůru aby byl ten ubrousek navlhčený a pečlivě otřu plochu procesoru i chladiče. Většinou ten postup opakuju, abych měl jistotu, že je to naprosto čisté. Až na tom ubrousku nebude ani stopy po předešlé pastě, tak teprve potom se pustím do instalace chladiče.
Potom stačí už jen nanést pastu na CPU a pořádně upevnit chladič, aby správně doléhal. To je asi to nejdůležitější. Teda ne asi, ale určitě.
Někdo nanáší pastu stylem, že kápne doprostřed a nasadí chladič, upevní a hotovka. Pasta se tlakem rozptýlí.

Já to dělám tak, že vezmu čistý igelitový sáček, nasadím si ho na ruku a nanesu pastu na plochu procesoru. Potom rukou v sáčku (kvůli možné mastnotě) tu pastu takovým "ťupkováním" rozdělám po ploše procesoru a nasadím chladič. Je celkem jedno, jaký postup použiješ, hlavně tam nesmí být té pasty moc nebo málo
Důležitější je, jakou pastu použiješ. Já roku používám MX-2 a jsem spokojený. Můžeš použít třeba Coollaboratory liquid ultra, to je tekutý kov a výsledky má lepší, ale nanášení není zrovna jednoduché.
Coollaboratory_Liquid_Ultra.html