bandwidth throttling je právě ta priorizace, resp. shaping. Ty si prostě můžeš na routeru určit, který ty provozu bude mít prioritu, a který ne. Ty co prioritu nemají, tak při nadměrném toku jsou jeho pakety zahazovány...

VPN může, ale taky nemusí pomoci. Záleží na jakém portu běží a jak chytrý je shaper (pokud např. "umí" zkoumat provoz na L7, tak to fungovat nebude).