Napadlo mě hned to samé, co Wikana. Spusť někdy manuálně defragmentaci disku, když nebudeš PC používat a budeš mít klid.

Jinak jsem myslel, že když ukládám data "souvisle naráz" tak to hned háže vedle sebe

Ne, tak tomu vážně není, i když to zní logicky.
Stáhni si třeba program defraggler, je zdarma a defragmentuj všechny disky a oddíly. Trošku se sníží odezva, ale zázraky nečekej.