že se vůbec sereš s COM porty, tohle je technologie tak do výroby k pásu nebo do obchodu ke kase. Na RDP bych doporučoval zásadně čtečky s KB wedge, je s tím daleko míň práce a hlavně se to dá nastavit tak, aby to fungovalo s jakoukoli klávesnicí a funguje to úplně všude- bez problémů.

K tvému problému: v rdp klientovi máš správně nastaveno mapování com portů? Ve správci HW to na serveru neuvidíš, protože to jsou porty z RDP session.

Ale rozhodně bych se kouknul, zda ta čtečka nemá i USB režim s emulací klofny. Co je to za model?