ffmpeg je free nastroj pro praci s videem, takovy hodne low-level (nad nim pak vznikaji nadstavky pro "lidske ovladani" i u celkem profi veci), ale umi toho strasne moc. Konkretne titulky - vlozeny text umi libovolne pozicovat, ale fakt se mi to nechce hledat. Google "ffmpeg subtitle position".