S výjimkou Programů s tím nebude problém (pokud žádný program nebude spuštěný, tak to asi nebude taky vadit). Jak chceš ta data zkopírovat, když to tam nedáš "najednou" ??? Prostě nějaký SATA konektor odpoj (třeba CD/DVD nebo čtečku) a stávající disk "E" na něj přepoj. Pak na původní SATA, kde byl "E", připoj nový disk, inicializuj, formátuj a označ jako "N" a nakopíruj na něj data z "E". Potom ten "E" odpoj a "N" přeznač na "E".

Nebo prostě ten "E" odpoj. Zapoj, inicializuj a formátuj nový, označ "E" a obnov ze zálohy. Pokud k těm souborům nebudeš přistupovat, nebude to vadit (popř. to budeš ignorovat).

Taky by ty složky šlo přesměrovat zpátky na "C", vyměnit a obnovit disk a přesměrovat zase na "E".