Použij Fat32 (pokud nenarazíš na omezení, tuším 2 nebo 4 GB na soubor). V každém případě takový počet souborů bude nějaký čas trvat.

"Pakovat" soubory do .zip má smysl jen "po menších skupinách", zkopírovat konkrétní soubor z velikého .zip znamená ho celý rozbalit. Třeba každý ten web by mohl být jako 1 zip. Fotky a videa nemá smysl "pakovat".