Přesně takto to funguje (varianta 2.). Proto se baterka mění se zdrojem v připojeným k síti, pak můžeš baterku s klidem vyšprtnout a nahradit novou bez toho, že bys přišel o nastavení BIOSu. Baterka se samozřejmě nijak nedobíjí, jen se z ní v případě, že je deska pod +5V standby, nebere žádný proud - to se změní až když PC odpojíš zcela od napájení.
Kdysi dávno měly některé dražší desky nevyměnitelnou dobíjecí baterii... ale to je už fakt hodně dávno.
https://www.esquareparts.com/parts/cmos-battery/