Spusť VLC a najeď na nástroje. Následně na nastavení a vyber záložku Tiulky/OSD. Zaškrtni tam ještě povolit titulky a vyber správné výchozí kódování. Mělo by to bez problémů fungovat.
Já mám 1252 a vše funguje jak má. Možná máš titulky v jiném kódování, tak vyber podle něj. Taky je dobré mít titulky se stejným názvem jako film, jen u titulků máš jinou příponu. To se pak načtou automaticky, pokud nezvolíš jinak.