Synchronizační klient bude vždy vyžadovat, aby složka s daty k záloze byla v "jeho" složce. To můžeš samozřejmě vyřešit symlinkem na původní místo. Jen tě upozorním, abys na takovou "zálohu" moc nespoléhal, protože tu jsou dvě rizika: OneDrive neumí zálohovat všechny typy souborů (typicky PST databáze) a u jiných hrozí jejich poškození jak lokálně, tak v cloudu. Druhý problém je technický - jde o synchronizaci kopie, nikoli zálohu, takže např. kryptovir tě těch dat zbaví lokálně i cloudově (byť u OneDrive existuje možnost se u určitých typů souborů vrátit k předchozí verzi)

Pokud chceš opravdu bezpečně zálohovat "vše" do cloudu, asi nejlevnější řešení je nákup zálohovacího programu (ideálně se schopností deduplikace) a k tomu místa v AWS (na zálohy by ti měl stačit S3 Glacier Instant, který stojí 1TB za 4USD měsíčně)