soubor autorun.inf (i se svou případnou ikonou) leží na tom externím disku. je to rozlišení pro všechny pc, ke kterým se připojí.
není to žádný zásah do windows.

jinak souhlas, že je to ztráta času: defragmentovat externí disk s malými změnami (mazáním) obsahu nemá žádný smysl. přidáváním souborů fragmentace nevzniká.
u omezených rychlostí přes usb je ostatně lhostejné, jestli tam nějaká běžná fragmentace je.