chladiče pro pcie3x4 stačí minimální výšky (případně nemusí být žádné), tvůj samsung snad topí příčetně. takže by rozměrově nemusely s ničím kolidovat.

být tebou, zbavím se nesmyslného malého 500gb hdd, jeho data překopíruj na některý ze zbylých disků. tím si zas ušetříš možný konflikt s nějakým sata, který intel nepřiznal ale zjevně odfláknul.
pro test chování desky by nebylo špatné na den odpojit všechny sata disky. případně ten s hrozně důležitými daty zapojit přes usb, ale sata nechat volné.

chování té desky vůbec nedává smysl - ne že by byla trvale nefunkční, ale vytuhne až po čase. máš spuštěný hwmonitor?
deska je ovšem poměrně stará a jen bill ví, co má za sebou.

pcie řadič myslíš jako možnost pro bootovací nvme? musí to podporovat i bios, musí tak fungovat ten řadič, záruku nemáš.