REM --- nahrada v pokus\abcdeXfgh.txt ---

for /f %%i in ('dir pokus\*.* /b') do call :rename %%i
goto end

:rename
 set soubor=%1
 set zacatek=%soubor:~0,5%
 set filtr=%soubor:~5,1%
 set konec=%soubor:~6%
 set nahrada=Y
 if "%filtr%"=="X" ren pokus\%soubor% %zacatek%%nahrada%%konec%
goto :eof

:end

batka leží nad adresářem "pokus" - jen proto, aby nezkoušela přejmenovat sama sebe. jde samozřejme ošetřit filtrem na příponu.
test nahrazovaného znaku ... if "%filtr%"=="X" ... není nutný, ale může se hodit.