Zaprvé, tos kopíroval (F5) nebo přesouval (F6)? Přesun je výrazně rizikovější…

To jsi měl na C i D funkční Windows a data v Users (na obou systémech) nějak propojené?
Celé mi to připadá jakési podivné, nepochopitelné.

Přenášel jsi opravdu soubory a ne třeba symlinky?

TC podle mě na vině nebude, spíše bych (jako laik) vinil nabořený systém.