Takže systémové složky jsou propojeny mezi všechny disky?

normálně nejsou.
jenže ty nepíšeš, jak jsi vlastně vytvořil disk d:, co jsi v minulosti kopíroval svými zvláštními postupy.
jinak by se toto záhadné mazání z c: nikdy nemohlo stát.
ostatně mít "systémový" adresář windows na usb disku je mimořádně nesmyslný nápad. ten, kdo to udělal, bude mít prsty i v současné ztrátě dat.

hele, ono to začíná lézt z chlupaté deky:

V minulosti jsem pouze přesouval nebo kopíroval nějaké soubory či složky mezi těmi disky.

tak "nějaké"...
ještě chvíli a třeba se dozvíme, že z úchylných důvodů šlo náhodou o systémové složky.
a za další dvě chvíle, že nejspíš nepoznáš rozdíl mezi linkem a fyzickým adresářem.