trvá to stejně či dokonce o něco méně

Trvá to podstatně méně, zvlášť pokud je to kopec malých souborů (to mazání zdržuje). A po zkopírování se dá synchronizace složek a ty shodné je možné případně smazat (používám double commander, ale tohle je stejné jako v total commanderu). Sekvenci kopírování, porovnání, mazání používám naprosto standardně. F6 na přesun používám zcela mimořádně.

Prolinkování je dost pravděpodobné, odávám se, že to ale ve správě disků nebude vidět, tam jsou vidět jen linky na disky a ne na adresáře.