Mám podobnou zkušenost (5600G, B550M DS3H, 1x M2, 2x SATA).
Někdy za určitých okolností není vidět M2, např. po déletrvajícím vypnutí pc.
Co mi pomůže je zkoušet odpojit a připojovat nebo jen prohazovat SATA disky na jiné porty, až vznikne nějaká momentálně funkční kombinace tak se M2 chytne
Nic o kolidaci portů SATA s M2 v manuálu myslím u desky B550M DS3H není. Proč to dělá taky netuším. A řešit se mi to nechce, protože se s tím prakticky nesetkám, pc jen uspávám a v tom případě to nedělá vůbec.
Tak zkus tady to taky