Podľa mňa (nie je to záväzné, ani príkaz) - možnosť prvá. Prvý nechať len pre systém a max. pre často používané programy, druhý (veľký) na svoje data, prípadne na programy, hry, ktoré sa nepoužívajú tak často. Ak ti padne systém - dáta máš na druhom zachované.