Hlavička i päta sú nastavované vzhľadom k veľkosti oblasti pre text. Musíš ešte nastaviť práve tú veľkosť. To sa však nastavuje (zdá sa mi) v časti pre veľkosť papiera a oblasť pre tlač ľavý, pravý, horný, dolný okraj oblasti.
Čítaj: https://support.microsoft.com/sk-sk/topic/zmena-ve%C4%BEkosti-strany-ve%C4%BEkosti-papiera-alebo-orient%C3%A1cie-strany-v-publisheri-f5061db1-5431-4836-8c77-0f47f47d37df
Čo sa tohto týka:

Když dám okraj stránky 0,5 cm a zápatí zdola 0 cm, tak mám řádek v zápatí na úplném konci stránky, a skutečně se tam tiskne i v pdf.

- PDF je zväčša obrázok - ty si nastavil okraje obrázku. Pri Word texte máš (už som spomínal) nastavenú oblasť pre tlačenie na papieri, zmenou tejto oblasti sa to posúva. T.z. spodný okraj pre tlač je 2cm (20mm) a ty ešte pridáš hlavičku a pätu 0,5 (teda 5mm) - spočítaš a máš 25mm od okraja papiera.