Problém by to být neměl.
Rufus, aby byl kompatibilní s různými EFI, a uměl používat NTFS oddíl, tak musí mít bootovací oddíl s FAT32 a až pak může mít NTFS. Proto tam má dva oddíly. Třeba má EFI umí NTFS, já nic takového nepotřebuju, já mám jeden oddíl (GPT/NTFS) vytvořený ručně a jen nakopírované soubory. MCT dělá naopak jeden oddíl s FAT32.
Ale vyloučit se problém skrz to nedá, takže za mě je nej prostě vytvořit tu usb flash ručně s originální aktuální instalačkou.