Jestli myslíš výběr file systému v Rufus tak to jsi mohl, a? Nechápu smysl tvé poznámky.
První oddíl Rufus udělá na FAT32, i když tam vybereš NTFS.
Ale fakt nechápu proč řešíš nějaké zaškrtávací políčko...

A jestli ti nedocvaklo to s těmi tvými dvěmi možnostmi v bootu, tak jestli je pravda ta má domněnka, tak je jedno, jakou volbu z těch dvou zvolíš. Teoreticky vhodnější je ta druhá, protože bootuješ rovnou z instalačky Windows a přeskočíš mezikrok s efi souborem na prvním oddíle, ale prakticky je to myslím jedno. A jak jsem psal, v případě, že tvá EFI podporuje NTFS, tak bych dělal instalačku bez Rufus tak jak ji dělám já, prostě nakopíruju soubory instalačky na usb flash (GPT, oddíl NTFS).
Nebo-li ještě jinak, kdybys to udělal bez Rufus, tak tam nemáš ten první FAT32 oddíl a nemáš tam tu první možnost volby. Měl bys tam jen oddíl NTFS s instalačkou Windows a v bootu jednu možnost (jen tu druhou co tam máš teď). A jestli pochopíš jak to funguje tak ti pak připadne použití Rufus fakt debilní.