Takže pokud bych tam hodil graf. kartu typu PNY NVIDIA RTX A400 4GB, tak bych udělal lépe?

Záleží pro jaký program to chceš použít. Jestli to podporuje. Pokud nevíš co budeš použivat vem 5060.

A co se týče zdroje, 550W by stačilo, nebo raději jít ještě více na 650W, aby tam byla dostatečná rezerva?

řídil bych se zárukou, s 10ti letou neuděláš chybu, 6let je základ pro slušný zdroj.
bral bych 650w
např https://www.alza.cz/corsair-rm650e-2025-d12786354.htm