Ahoj, podle toho, co popisuješ, to na bootkit vůbec nevypadá.
Bootkity jsou dnes extrémně vzácné a jejich instalace je velmi obtížná – vyžadují fyzický přístup nebo zneužití velmi specifických zranitelností. Pokud ti Malwarebytes i Windows Defender nic nenašly a máš zapnutý Secure Boot, firewall i integritu paměti, riziko infekce je prakticky nulové.

Nerovnoměrná rychlost bootování je u Windows běžná věc. Může to způsobovat aktualizace, načítání ovladačů, připojené periferie nebo jen to, že systém někdy použije rychlé spuštění a jindy ne.

Pokud chceš mít jistotu, můžeš zkontrolovat:

zda je v BIOSu zapnutý Secure Boot,

stav disku (např. chkdsk nebo CrystalDiskInfo),

jestli se při startu nespouští nějaké zbytečné programy.

Na diagnostiku bootkitů se dnes už prakticky nikdo specializovaně nezaměřuje, protože moderní ochrany (Secure Boot, TPM, virtualizovaná bezpečnost) je blokují už na úrovni firmware.

Z toho, co píšeš, to spíš vypadá na běžné kolísání výkonu než na malware.